刘增云转自余杰：
余杰在二00七年十月发出”基督徒关于法轮功问题的声明”，声明开始慷慨陈词地谴责中共对法轮功的迫害，随后余杰笔锋一转竟指责法轮功创始人李洪志先生”歪曲、诋毁和诽谤”基督教和圣经经文，余杰以一半的篇幅登出李洪志先生众多讲话中的十四句话作为他指责的证据。最后，余杰在呼吁”中国当局停止针对法轮功群体的政治与司法迫害，实现真正的宗教信仰自由”的同时，还郑重地提出，”我们更呼吁李洪志先生和海外的法轮功组织停止对基督信仰和圣经真理的歪曲性的引用、混淆和贬低，收回以上那些错误的言论，并向受到伤害的广大基督徒道歉。”
正当中共残酷迫害法轮功的危难关口，余杰在同一个声明中既抗议中共又抗议法轮功，把权势一方的中共迫害者与正受中共迫害的无权势的法轮功受迫害者放在同一声明中抗议，而抗议重心最终落在被迫害者身上，余杰如此颇费心计的怪异行为令人对其用心叵测的声明产生质疑。
此声明表现了作者倚仗基督教虚张声势来提高自己低劣人格的急迫心态，还表现了作者貌似正义高大而实则仗势趋利的功利主义心计。只是令人没想到的是，余杰这回使用的还是基督徒的招牌，上次以基督徒为借口阻止非基督徒郭飞雄与美国总统布什见面的卑劣行为已经丢尽基督徒的脸面，这次再用基督徒做招牌实在愚蠢至极。如此滥用基督作招牌，不过是伪基督徒对基督教的俗化和亵渎。
尽管经过余杰的断章取义，我仍没有从李洪志先生这十四句话中看到任何”歪曲、诋毁和诽谤”的意思，我看到的只是一个个人以平缓中性的态度发表的正常见解。我还看到李洪志先生的本意是，世俗信徒和伪基督徒对基督教近两千年的俗化使基督教令人伤心地异化了。
我们只要简单地如下回顾一下基督教纷争的历史和基督教迫害异端的历史，我们就能得出这样的答案：一，基督教不断地被世俗的教徒世俗化已达千年之久而且直到现在并未停止，二，作为个人，我们每个人对圣经和基督教都有自己理解、认识和判断的权利和自由。
耶稣出生日不太确定，《圣经》里没有记载耶稣的生日，公元三三六年罗马教会把十二 月二十五日这个 原本是罗马帝国奉行的太阳神生日的日子定为耶稣生日。
由于自君士坦丁大帝以后，罗马帝国举国改信基督教，僧侣就决定改以耶稣出世的年份为新纪元一年。当时的僧侣基于圣经里说到”耶稣被处决时约三十多岁”，于是罗马僧侣便把耶稣处决那一年的年份减去三十，作为新纪元的元年，所以，耶稣的出生年就出现比纪元元年大约早四年的误差。
估计耶稣大约生于公元前四年，耶稣是他的名字，基督是他的身份。基督是希腊文的译音，相当于希伯来文的”弥赛亚”，意即”受膏者”。耶稣在三十岁以前是个木匠，过着犹太人的传统生活。耶稣在三十岁，公元后二十六年受洗并事工布道，在公元后三十年受难升天，死时年仅三十四岁，布道经历大概三年多。耶稣布道从来没有离开他的出生地二百英里（大约320公里）以外的地方。
耶稣最初是一个犹太教徒，他传道初时并没有想到创立一种新宗教，而是拥护犹太教的基本教义以强调自己主张的正统性和权威性。讲道时，他经常援引《旧约圣经》中的一些重要话。耶稣反对犹太教上层撒都该人（祭司、贵族）的腐化生活和法利赛人（中产者）的伪善行为，也反对犹太教脱离现实的教条主义和繁缛仪式。后来，耶稣声称自己是弥赛亚（救世主），并从《旧约圣经》中找理论根据，以证明自己是先知们所预言过的那位弥赛亚。耶稣死了数十年后，他的使徒才开始记载耶稣的活动，以文字形式力图证明耶稣是先知们所预言过的那位弥赛亚，并把这些文字定为福音书。
近代圣经学者普遍认为马太福音最早写成，马太和路加以马太福音为蓝本，再加上各自收集的资料而写成马太福音和路加福音，写作日期在公元七十到八十年间。
称耶稣是”上帝的儿子”即弥赛亚是基督教和犹太教的主要分歧点。犹太教盼望弥赛亚来临，认为真正的弥赛亚还没有到来，应继续等待；而基督教则认为弥赛亚已经来了，他就是拿撒勒人耶稣，这一点是基督教与犹太教分道扬镳的内在原因之一。另一内在原因是”新约”的出现，”新约”是耶稣死后他的使徒们对”旧约”不同解释的发展结果。
原始基督教没有自己的经典，《新约》是沿用犹太教的《旧约圣经》，并对犹太教的《旧约圣经》作新解释发展而成的。耶稣死后，随着原始基督教传教活动的扩大发展，随着外邦人（非犹太人）教徒人数的增加，犹太教经典渐渐不能适应传教活动的需要，故有些基督教社团对犹太教的《旧约圣经》作了新解释，并把耶稣传道时的讲话收集起来作为传教资料，最后经过加工整理，编成《新约圣经》。这样，《新约圣经》就成为基督教特有的经典。《新约》讲博爱，摒弃《旧约圣经》中”以眼还眼，以牙还牙”的说法。
“新约”的前半部由四卷福音组成，总称福音书，四个福音是，马太福音、马可福音、路加福音和约翰福音。大约一千四百页的圣经，”新约”只占不到四百页，其中有很多重复和不同。各个福音对耶稣布道活动的描述都有重复的篇章和不同的描述，例如”最后的晚餐”，”耶稣被捕”，”耶稣复活”等等篇章在不同福音中都有重复和不同。再例如”约翰福音”在”耶稣被捕”一章中就没有其他福音中描述的犹大的吻。再例如，路加福音和约翰福音对”耶稣死时的情形”一节中的描述与马太福音和马可福音的描述不同。马太和马可福音描述耶稣死时的情形时写道，”耶稣大声呼号：’以罗伊，以罗伊，拉马撒巴各大尼？’这句话译出来就是：’我的神，我的神，你为什么离弃我？'”路加福音的不同描述是，”耶稣大声呼叫：’父啊，我把我的灵魂交在你手里。’说了这话，就气断了。” 约翰福音的不同描述是，”耶稣知道一切都已经成就了，为了要使经上的话应验，就说：’我渴了。’在那里有一个坛子，盛满了酸酒，他们就拿海绵浸了酸酒，绑在牛膝草上，送到他的口里。耶稣尝了那酸酒，说：’成了！’就低下头，断了气。”
“新约”后半部主要是保罗书信，除了保罗书信，其他书信还包括：路加写的”使徒行传”；作者不详的”希伯来书信”；耶稣弟弟雅各写的”雅各书”；使徒彼得写的”彼得前书”和”彼得后书”；使徒约翰写的”约翰壹书”、”约翰贰书”、”约翰三书”和”启示录”；耶稣另一个弟弟犹大写的”犹大书”。
在编辑”新约”的同时，基督教提出较为系统的教义和教规：基督教相信耶稣是上帝的儿子，为救赎人类而”道成肉身”、被钉在十字架上、受难、复活、升天、并将再次降临人间，施行最后审判。但是，最后审判迟迟没来，于是有必要对救世主的信仰根据现实情况重新解释，这一任务最终由”保罗书信”完成了，它把《福音书》中记载的训诲、寓言、神迹、预言等加以总结，以大量篇幅阐述了信仰、神学、信理等问题，成为较为系统的教义和教规，为原始基督教脱离犹太教准备了思想基础。
基督教不但对圣经作了新解释，编成《新约圣经》，而且基督教还逐渐地形成较为成熟的组织形式。原始基督教社团是由一些信徒自行管理。信徒们组织起来在一起过集体主义生活，实行财产公有制，反对私有制，反对剥削制，社团成员一律平等，按劳取酬，不劳动者不得食，也有休息权，每七日休息一日，称守主日。随着社团的扩大，需要成立专门的办事机构聚会所，处理日常事务工作。为此，选出七名办事公道、德高望重的人作聚会所的执事（长老），再从执事中选出一人作监督（即后来的主教），监督(主教) 的权力高于一切。这种管理制度后来逐渐被普遍采用，成为教会的雏形。这种较为成熟的组织形式为原始基督教脱离犹太教准备了组织基础。
基督教有很长时间被犹太教看成自己内部的一个分支，由于这个分支，所以内部有许多争论纠纷，但是最终造成基督教脱离犹太教的关键原因不是这些争论纠纷等内部原因，而是”罗马统治”这个外部原因，即，基督教和犹太教对罗马统治者的态度截然不同。
罗马帝国经过了几百年的部落战争，终于在公元前三十年由奥古斯督剿平政敌，成为罗马第一任皇帝。其版图从幼发拉底河伸展到大西洋，从多瑙河、莱茵河与苏格兰海峡延伸至非洲沙漠。而巴勒斯坦这个地中海东岸的小小国土是连接欧洲、亚洲和非洲的桥梁，是古代通商的必经之地。
在罗马帝国幅员辽阔的版图内，每一地方按不同情况实行不同的法令、法规，且改善了共和国时期开始的各省行政方案。帝国境内的省被划分为两个等级：一个是元老院管辖的省分，省的行政官员被称为总督，并由一位元老院级的财政官协助。这些省份通常是比较安定的。另一个就是由皇帝直接管辖的省分，行政官出自元老院，由皇帝自由任命和罢免。
耶稣在世的时代，以色列全境都处于罗马皇帝凯撒的独裁统治之下，包括耶稣出生的伯利恒和成长的拿撒勒。巴勒斯坦是隶属于皇帝直辖的叙利亚省，此地的犹太人不甘受罗马帝国压迫，多次发动起义，反对罗马帝国统治。这就是耶稣在世时的社会、政治背景。
公元六六至七十年，犹太民族掀起了长达四年的反罗马斗争，即著名的”犹太战争”，当时犹太人基督徒也参加了这一斗争。因为，原始基督教社团原本认为自己是犹太教内部的一个支派，他们参加犹太教的一切活动，一起在会堂里过宗教生活。从宗教上说，他们是犹太教徒；从民族上说，他们是犹太人。
随着外邦人（非犹太人）基督徒在基督教社团中占了多数，并且取得了领导权，他们的政治立场和对官方当局的态度改变了基督教社团对罗马统治者的敌对情绪，因此，基督徒与犹太教徒拉开了距离。公元一一六至一一七年，犹太民族起义时，有些基督徒就袖手旁观了。公元一三二至一三五年，犹太民族举行最后一次反罗马帝国的起义时，外邦人基督教徒则置身斗争之外，就连犹太人基督教徒也远离战斗。其实，”新约”中”罗马书”的作者保罗早在公元55-59年就在多处表达了顺从权力之说。
犹太民族举行的最后一次起义失败后，犹太教徒不再承认基督教社团是自己的一个宗派。到公元一三五年基督教完全从犹太教中分离出来，成为一种独立的新宗教。
耶稣基督虽然降生为犹太人，但是他并不为犹太人所接纳，犹太人不相信他是神的儿子 ，犹太人拒绝基督教的福音， 并处处刁难阻碍耶稣初期建立的教会，质疑耶稣的基督身份，犹太人最终把耶稣交给罗马当局，将耶稣钉死在十字架上。直到今日，犹 太人依然反对基督教。
十二使徒之一的圣彼得(又译为西门，另一译音为伯多禄)和后来由恶棍转变成为虔诚基督信徒和主要传教人的圣保罗(又译为扫禄)在传教时逐渐意识到福音应该传给天下所有的人，而不只是犹太人。圣彼得传教时开始尝试吸收非犹太人入犹太教。但是，非犹太人入教后不接受犹太教的法规，不接受割损礼、不吃猪肉、不吃带血的动物的肉等法规。这就引发不同民族的犹太教徒各吃自己的饭后如何一同举行纪念基督的圣餐的争论。圣保罗当时严厉指责圣彼得虚伪，因为彼得一方面同意非犹太人基督徒不必遵守犹太教法规而受洗，一方面他又怕引起犹太基督信徒不满，所以又躲着不与非犹太人基督信徒来往。
在耶稣基督被钉十字架后，圣保罗有过四次传教之旅，在第四次传教之旅时，他几乎获得和耶稣同样的下场，只是由于圣保罗是出生于小亚细亚的罗马公民，所以幸免于处死而被遣返回罗马。他因此得出一个结论：与其在犹太人中间传道，不如在外民族中间传道。所以，保罗在罗马的两年受官方管制的戴罪生活使他有机会直接向罗马人宣讲福音，他不再提及旧约中重复提到的只有犹太人是上帝的选民，开始在罗马帝国中间的各民族中传道，到公元六十三年时，基督教在罗马帝国开始传扬开来。
罗马帝国最初信奉传统的氏族、家庭的神祇，罗马帝国前期的信仰是综合了古希腊和古罗马众多神邸的多神教，他们反对不同于罗马教的异教。罗马当局恐怕基督教的传入会否定罗马神，打破罗马氏族、家庭的神权统治，所以特别反对基督教在帝国境内传播。随着基督教组织的不断扩大与发展，引起基督徒与当地人的种种矛盾，造成了社会不安，并造成了对帝国统治的威胁，导致罗马帝国对基督教进行了三百多年的迫害和镇压。据基督教会称，罗马帝国统治时期，当局曾对基督教进行过十次大迫害。
罗马政府的压制和迫害并没有阻止基督教的传播，而且统治者中有许多人渐渐了解到基督徒与反抗罗马统治的犹太教徒不同，基督徒都是顺服权力的顺民，应该把他们与犹太人区别开。当局认识到基督教对帝国统治有益无害后，对基督教采取了宽容与怀柔政策，变反对、迫害、镇压为保护、利用、控制。
随着基督教的发展，教徒的成分也发生了变化，许多大地主、富有工商业者和官吏，甚至皇族也加入了基督教，基督教的仪式逐渐变得复杂，教义也更趋向于顺从统治阶级，这就是君士坦丁时代到来之前基督教的状况。
公元三一一年，君士坦丁成为罗马帝国西部地区领袖时，罗马帝国已经处在瓦解的边缘，北方蛮族的骚扰削弱了帝国。罗马帝国处于军心涣散，经济不稳定等严重危难中，最严重的危难是罗马人民道德的伦丧。君士坦丁急于寻找医治社会道德腐败的良方，他看到顺服权力的基督教可以利用为其统治服务，便与东部地区领袖李锡尼联合发布《宽容敕令》(又叫”自由法令”)，准许基督教徒信教自由，不受歧视。这道敕令是基督教史上的里程碑。公元313年君士坦丁与李锡尼又共同颁布著名的《米兰敕令》，承认基督教的合法地位，发还过去迫害时期没收的教会财产，这是罗马法律上第一次承认基督教会可拥有财产权。其实，《宽容敕令》只对基督教宽容，对其他宗教却压制和限制。
君士坦丁大帝颁布自由法令使天主教受宠若惊，天主教由此就势善用良机，积极奠定教会的基础，发展教义和圣经学，排除各种异端，并且仿照帝国的行政体制树立教会的正统和组织。这种政教配合的融洽、美好时日的到来使当时教会内不少人以为天主的国已经降临，那时真是天主教会的黄金时代。到了第四世纪末叶。罗马帝国境内的基督徒几乎都相信教会在帝国体制之外是无法存在的，因为那时的教会组织和帝国的行政系统已搭配有序，身为主教就是帝国的高级官员，而且教会的大公会议由皇帝出面召开。四世纪的政教配合为以后的政教合一奠定了坚实的基础，使欧洲不可避免地走向中世纪政教合一的黑暗。
公元三二三年，君士坦丁战胜李锡尼，统一罗马帝国，发布宗教法令，进一步利用、扶植基督教，由政府拨给教会大片土地，由国家资助教会在各地兴建教堂，皇帝还把罗马的拉特兰宫赠给罗马主教作为官邸，政府官员主要由基督徒担任，此外，政府给予教会种种特权。
在君士坦丁大帝统治期间，改信基督教的人能在政治上谋到高官显位，基督教徒还有各种实惠的特权及税收豁免权，因此，追求利益、官职的人们争先恐后地加入基督教，受洗入教者激增，基督教得到了大发展。
君士坦丁大帝在扶植基督教的同时，对基督教会严密控制，干预教会内部事务。此时，基督教内部在”三位一体”问题上争论不休，愈演愈烈，君士坦丁大帝不允许教会内部有与官方教会对立的”异端”派，这不利于他利用基督教作为统一帝国的思想工具，不利于君士坦丁大帝的政治统治。为了对基督教进行全面控制，把它纳入自己的政治轨道，君士坦丁大帝于公元三二五年指示在小亚西亚的尼西亚城召开第一次基督教大公会议，解决”三位一体”的神学争端，这就是历史上著名的”尼西亚宗教会议”。会议按照君士坦丁的意图制定并强行通过了统一的宗教信条《尼西亚信经》，此决议特别确定了圣父、圣子、圣灵为三位一体的上帝。
公元三三０年，君士坦丁又下令优西比乌主持编订统一的基督教圣经。在基督教教派纷争，见解不一的情况下，优西比乌采取了折衷调和的编选原则。
公元三六七年，埃及亚历山大城主教亚大纳西又发布了与现传本相同的新约篇目，后来在公元三九三年的北非希波宗教会议和公元三九七年第三次迦太基宗教会议上，两次再度确认新约篇目，致使统一的基督教圣经经典最终定型。然而，当时的”圣经”文本已经历了数百年的漫长岁月，在漫长复杂的口传、手抄、定本过程中，漫长历史和人为因素产生的晦涩难懂、前后矛盾和互不相符等问题在定型后的新约中依然存在。比如，从大卫王到约瑟之间，”马太福音”中说是二十六代，而”路加福音”中说是四十一代。
除了圣经本身的前后矛盾和互不相符的问题外，君士坦丁自己还对圣经内容按照自己的喜恶进行删剪，君士坦丁删剪了”圣经”中有关轮回转世的章节。当今美国畅销书”前世今生”(“Many life, many masters”)的作者、心理学教授、毕业于哥伦比亚大学的布莱恩. 魏斯医生(Brian L. Weiss) 说道，”我重温了哥伦比亚大学念一年级时所学的比较宗教课的课本，在’圣经’旧约和新约全书中确实提到轮回转世。公元三二五年，罗马君士坦丁大帝和他的母亲海伦娜，将新约中关于轮回转世的内容删去了。”
总而言之，君士坦丁大帝利用基督教达到了政治目的，他从政治、思想和组织上全面控制了基督教，使基督教会逐渐成为罗马帝国的一个政治工具，也使基督教今后成为帝国国教做好了准备。
君士坦丁大帝以后的几代皇帝继续实行控制、利用基督教的政策，同时逐渐停止、放弃罗马神庙的”最高祭司”职务。公元三九二年，罗马皇帝狄奥多西一世颁布命令，废除一切旧有的宗教，关闭一切氏族神庙，禁止一切异教活动，只有基督教才是唯一合法的宗教。此时，基督教正式成为罗马帝国的国教。至此以后，政教合一的罗马皇权与基督国教共同结合起来对犹太教和其他异教进行了长达千年之久的迫害。
在以后的一千多年里，迫害异端成为正统基督教历史的组成部份，而反对犹太教成了基督教传统传教的手段，教会以下的神职人员，保括主教、神父等，在讲解新约时，都把耶稣的死罪怪在犹太人的头上，把犹太人说成谋害他们救世主耶稣的凶手，这种长年累月的仇恨灌注使基督徒对犹太人的仇恨持续地漫延和积累。四世纪末，狂热的基督徒执行皇帝狄奥多西一世的命令，在罗马各城市摧毁源自古希腊异教的古老神庙，清除所有偶像和异教徒。犹太教也跟着遭殃，犹太人的教堂、学校、经书等被焚毁，犹太教教士被禁止传教，犹太人被禁止谋生，被赶去务农，人们被禁止与他们交往，这种长期的歧视和仇恨是后来希特勒对犹太人大屠杀得到民众拥护的历史原因。
很多人认为，即使没有君士坦丁，基督教也能够发展为世界性宗教。理由是，在君士坦丁之前的许多罗马皇帝都对基督教徒进行了残酷压迫，但并没有能阻止基督教发展壮大的趋势。这个理由值得讨论，因为摩尼教也曾经传播到世界各地，并拥有无数虔诚的信徒，也曾屡受压迫仍发展壮大，在罗马帝国时代曾成为基督教的主要对手。但摩尼教因为始终未能在重要国家取得国教的地位，在飘荡千余年后，最终消失。
公元三九五年，罗马皇帝狄奥多西一世将帝国分给两个儿子，罗马帝国于是分为东西两部份；东罗马帝国以君士坦丁堡(现土耳其首都伊斯坦布尔)为首都，西罗马帝国以罗马为首都。君士坦丁堡教会逐渐成为东派教会的中心，与罗马教会日益分离。西罗马帝国在外族入侵时，领土大都丧失，早已徒具虚名。四七六年，西罗马帝国正式灭亡，但罗马教会仍为西派教会的中心。东、西教会不仅在礼仪和教义有重大的分歧，而且地理位置所造成的文化差别也非常巨大。位于君士坦丁堡的东罗马帝国属希腊文化，而位于罗马的西罗马帝国属拉丁文化。东、西罗马教会的文化、语言的不同造成思维方式不同，对圣经的理解和解释自然也随之不同。
因此，虽然基督教成为国教，”新约”得到确认，也通过了统一的宗教信条《尼西亚信经》，并在《尼西亚信经》中确定了圣父、圣子、圣灵为三位一体的上帝，但是，基督教内部的派别之争从未停止过，基督教中的各教派对”圣经”的不同理解和认识也从未停止过，基督教内部正统对异端的压制和迫害更从未停止过。
仅在十三世纪期间，教皇就多次发布镇压、迫害异端的法规。欧洲中世纪政教合一的黑暗历史就是一部基督教迫害异端的迫害史。
公元一一七九年，教皇亚历山大三世组织召开世界基督教第三届大公会议，公元一二一五年，教皇英诺森三世组织召开世界基督教第四届大公会议，两次会议都发布教规，强调对异端的镇压。会议中制定了更多的迫害、歧视犹太教徒的法令措施。例如，法令规定犹太人必须穿黄色布料的衣服，束尖发，使人容易辨认。法令禁止犹太人从事某些行业，不能与基督徒通婚。十三世纪在法国南部的图庐兹城(Toulouse)，每年耶稣复活节前的圣周五当天，犹太人必须到当地天主教堂报到，挨一巴掌的打。
公元一二二七年，教皇格利高里九世执掌罗马教廷后，发布了一系列残酷迫害异端的法规，使迫害制度化。公元一二五二年，英诺森四世发布了”论彻底根除异端”的教皇通谕，这个最恐怖的通谕把根除异端作为国家首要任务，意大利因此成为名符其实的宗教恐怖国家。从十六到十八世纪的三百年间，估计迫害致死人数达二十万到一百万，多数是女人。
东罗马教会和西罗马教会在教义、礼仪和教会领导权方面，特别是对一性论上争论不休，互不相让，争论繁杂长久，无止无休，争论持续长达千年。著名的”和子句纠纷”就纠缠了一千年，此纠纷是西班牙归信天主教于六世纪发起的。西班牙教会把”尼西亚信经”中的”圣灵从父而来”一句，未经东教会同意，改成”圣灵从父和子而来”。由此招来东、西教会长久不息的激烈争论，互攻对方是异端。
八百年后的一四二七年，教皇尤金四世组织召开巴赛尔- 斐拉拉 – 佛罗伦萨公会议，会议延续开了十二年，把东、西教会一直争论的和子句、炼狱、弥撒祭、圣餐中无酵饼以及教皇的首席地位等双方互不相让的一系列争论旧题都作了详细的讨论，双方几乎在所有的问题上都做了让步，并于一四三九年通过”联合通谕”。由于联合计划的条款又引起东派教会的普遍不满而拖至一四五二年底才在圣索非亚大教堂正式公布。次年，东罗马帝国首都君士坦丁堡被土耳其攻陷，联合通谕还没实施就作废了。虽然东罗马帝国灭亡，罗马皇权消失，但是教皇、教会却没有消失，而且由于皇权的消失，教皇、教会的权力不但没有消弱，反而增强，这使得东、西罗马教会的争论更加不可调和。
公元一五０四，君士坦丁堡为首都的东罗马教会和罗马为首都的西罗马教会的不可调和的激烈纷争最终导致基督教的第一次大分裂。分裂后，以君士坦丁堡为中心的东派教会自称为正教，在宗教仪式中以希腊语为主，又称希腊正教，中世纪时成为拜占廷帝国国教，即东正教。以罗马为中心的西罗马教会分成罗马公教，即罗马天主教。十三年后的一五一七年，马丁·路德发起宗教改革运动，建立新教基督教，造成基督教的第二次大分裂。
虽然基督教千年来一直压制迫害基督教内部的异端，但是基督教两次大分裂所产生的东正教和新教却是异端的胜利。
十六世纪初的欧洲的宗教改革运动(又称改教运动)和新教的兴起，是中世纪自由思想者长期坚持反对教廷垄断、反对教会腐败的异端运动的结果。改革前夕，教会利用中古世纪人民在心灵上对宗教的依赖而对人民巧取豪夺，造成丑闻不断。随着工业的发展，教会的教产庞大，神职人员贪婪无度。另外，由于许多高级神职人员的职位是用金钱买来的，他们连主祷文和十戒都不清楚，这些神职人员既没有宗教知识，又生活腐败堕落，甚至连教宗亚历山大六世的私生活也成为丑闻。
公元一五一七年十月三十一日，趁一年一度万圣节，大家都来膜拜的机会，马丁·路德(Martin Luther1483～1546)把反对出售赎罪券(赦罪书)的九十五条论纲钉到维腾贝格宫殿威登保教堂的大门上。路德说，贩卖赦罪书说明了教会需要从头到尾进行一次根本的改革。
在马丁·路德向已有一千五百年历史的教会发出如此大胆的挑战并发起宗教改革运动后，
德国和瑞士的宗教改革者也如雨后春笋般地应运而生。在瑞士，加尔文和茨温利等人发起改革运动，他们进一步扩大和加深了新教的影响。在英国，英王亨利八世出于政治的原因，由上而下推行宗教改革，组成具有独特形式的新教会，以摆脱教皇的管辖。到十六世纪中叶，新教的三大主要宗派，即马丁·路德创立的路德宗、加尔文创立的归正宗和作为英国国教的安立甘宗，都已在欧洲出现，并同罗马天主教相抗衡。
但是，这些基督教改革家很少有两人看法是一样的，他们对圣经和基督教的个人见解和认识在有些方面非常不同。光是对圣餐中无酵饼的看法，马丁·路得和茨温利就不同，两人争得面红耳赤，伤了和气，茨温利希望能和好，但马丁·路得却对茨温利不客气地说：”你有另外一个灵，你的灵和我的不一样。”
改革之初，马丁·路德呼吁宽容犹太人、异教徒和基督教异端，他主张，个人有权按照自己的理解来解释”圣经”，每个信徒都具有不经由教会权威的钦定而直接仰望上帝的信仰权利。
然而，当新教受到教徒广泛拥护而得势后，受过迫害的十六世纪宗教改革的发起人，新教领袖马丁·路德毫无例外地也同样压制和迫害与其有不同见解的人。
路德得势后随即变成迫害异端的教主。他在一五二二年说，”我不许任何人批判我的主张，即使是天使。”路德还在”圣经”中找到迫害异端的根据，”你不可顾惜他，你不可庇护他，… … 你必定要杀他，你要首先下手，将其置于死地。” 就这样，路德一面假借上帝的话一面藉助官方的权力对异端进行迫害。一五一五年，路德求助官方检查制度毁掉异端的”邪恶教条”。一五三0年，路德建议政府把所有宣称基督是人而不是神的异端统统处以极刑。而犹太人对宗教改革冷淡怠慢的态度更是激怒路德，他把犹太人比做魔鬼，称他们为基督教最大的敌人，并引用” 新约”中反犹太人的章节来证明他的观点。他公开号召把犹太人的学校和教会付之一炬，让任何人把硫磺和松脂尽量投向他们，将他们像疯狗一样地驱逐出境。
一五三六年，二十六岁的瑞士改革创始人加尔文(Jean Calvin 1509～1564) 发表了神学著作”基督教原理”(又叫”基督教要义”)，此著作首次发表时共有六个章节，后经多次增补修订，至一五五九年第四版时已成为四卷约八十章的巨著。此著作的各卷分别以圣父、圣子、圣灵、圣而公的教义为题，全面阐述了加尔文改革的神学思想。西方史家认为加尔文的”基督教原理”完善了路德发动的宗教改革运动。此著作成为宗教改革时期第一部系统阐述福音教义的神学著作，被称为新教的指导教义和经典。所以说，加尔文的出现使宗教改革运动进入另一个时代，这个时代并不是发动宗教改革，而是巩固改革的结果和局面。
遗憾的是，作为最初坚决反对迫害异端的新教加尔文宗创始人，加尔文在被请回瑞士出任当时最高决策机构长老会会长后，也像路德一样残酷地迫害不同见解的自由思想者。
加尔文要求当局将当时被视为异端神学家(科学家)的塞尔维特用火刑烧死，从而导致日后与神学家卡斯特利奥的激烈争论的故事值得我们借鉴。
米圭尔·塞维特斯是西班牙医生，又是一个具有独立思想，为真理不畏强权，把改革基督教教义作为自己终生追求的神学家。他在加尔文发表”基督教原理”后也写了一部书，叫”基督教的恢复”。在此书中，塞维特斯对圣经和基督教发表了自己的见解和认识，他反对”三位一体”的说法，对圣经进行了比加尔文更大胆的诠释，并试图纠正加尔文的”基督教原理”。
出于对加尔文的崇敬，塞维特斯把尚未出版的”基督教的恢复”的校样送给加尔文，欲求得到这位宗教改革领袖的指导和支持。
没想到这部具有不同见解的书激怒了加尔文，他随即对塞维特斯暗中进行多次陷害，逼得塞维特斯离开瑞士在外流亡四年。但塞维特斯不甘屈服，再次回到瑞士挑战加尔文，被加尔文下令逮捕。在拘押塞维特斯两个月后，加尔文下令将其施行火刑。
一五五三年十月二十七日，米圭尔·塞维特斯被绑赴查佩尔广场，连同他的手稿和印就的卷帙也一起烧掉。在行刑前，加尔文的鹰犬法里尔上前劝说，”如果你放弃反对三位一体教义，承认加尔文的教义是唯一正确的，就可以保证给你一个较宽大的处决方式”，此建议遭到塞维特斯轻蔑的拒绝。
另一个挑战加尔文而遭受加尔文迫害的是法国人塞巴斯蒂安·卡斯特利奥。卡斯特利奥与加尔文的论战成为基督教宗教改革运动中的重要事件。
卡斯特利奥聪明非凡，他精通拉丁文、希腊文、希伯莱文和德语，还擅长音乐、诗歌和散文。他被当时自由主义神学家们称为”最有学问的人”和”百科全书”。他富有人道主义情怀，热衷于社会问题思考，是反对教廷垄断、反对教会腐败的自由思想者。他编写的小册子”难题解答入门”广受欢迎，在他死后仍一版再版，达四十七版。他曾与加尔文合作，共同把圣经翻译成法文。
虽然卡斯特利奥在当时已是著名的神学家，但是他非常谦卑，从来不认为自己对圣经的诠释”唯一正确”。他坦然承认，圣经是一部晦涩难懂、充满矛盾的经典，自己的新译本提供的只是对圣经的无数解释之一，而不是确定无疑的宗教真理。
惟我独尊的加尔文与卡斯特利奥正相反，加尔文认为只有他自己才是解释圣经的唯一权威。加尔文对卡斯特利奥计划再独立完成一部圣经新译本的行动百般刁难、阻挠和限制，这使本对加尔文崇敬有加的卡斯特利奥无法忍耐，起而与之展开公开辩论，两人把所有不同的见解都公开在公众面前。卡斯特利奥的思想、文采和口才均令加尔文相形见绌、黯然失色。加尔文表面表现出克制，暗中却对卡斯特利奥进行迫害，迫使卡斯特利奥离开日内瓦。
虽然过着颠沛流离的窘迫生活，卡斯特利奥仍然坚持个人自由意志和言论权利不容侵犯，他继续坚持翻译圣经，并连续发表数篇文章表达自己的观点。他的”论异端”、”答加尔文书”、”悲痛地向法兰西忠告”等文章，逻辑清晰、文笔精彩，思想深邃，直戳加尔文的要害。
卡斯特利奥在”论异端”中明确地表示：加尔文宣称，判定”异端”的标准来自《圣经》，但在《圣经》里却找不到”异端”这个词。在宗教事务上，不可能只有一种对《圣经》的解释是绝对真理，基督教内部对《圣经》的解释历来存在着诸多差异，不要说天主教和新教之间的差异，即便在新教内部也有路德派和加尔文派之间的不同。难道只要有差异就变成异端了吗？天主教指控加尔文派教徒是异端，加尔文派指控再洗礼派教徒是异端，甚至法国的信徒到了瑞士就变成了异端，在日内瓦北作为异端烧死的罪犯，却在邻国被视为烈士。
卡斯特利奥进一步指出：”异端”的实质就是迫害异见。他沉痛地说，”当我思考什么是真正的异端时，我只能发现一个标准：我们在那些和我们观点不同的人们的眼里都是异端。””这一称号在今天已变得如此荒谬，如此可怖，具有如此耻辱的气氛，以致于如果有人要去掉他的一个私仇，最容易的方法就是控告这人是异端。一旦其他人听到这可怕的名字，他们就吓得魂飞魄散，掩耳不迭，就会盲目地不仅对被说成是异端的，而且对那些胆敢为他讲一句好话的人进行攻击。”
卡斯特利奥的《论异端》的文章一发出，加尔文便立即写信要求瑞士各宗教会议禁止《论异端》的扩散，不允许讨论异端问题。他并且迅速写出了自我辩护的《保卫三位一体的真正信仰反对塞维特斯可怕的错误》的宣言，并让日内瓦所有教士签名。在宣言中，加尔文把烧死塞维特斯的责任推给行政当局，并同时表示日内瓦市政会”有权消灭那个魔鬼”。
卡斯特利奥看到加尔文蛮横无理的宣言后，也迅速给出回应，这就是十六世纪西方最为著名的反宗教迫害起诉书《答加尔文书》。
在《答加尔文书》中，卡斯特利奥控告加尔文信仰专断，并直接指控加尔文以宗教名义蓄意谋杀塞维特斯。他指出，烧死塞维特斯表明加尔文的独断、暴戾和野蛮，此行为已在欧洲、特别是在法国和意大利引发诸多抗议。
《答加尔文书》针对加尔文的宣言还指出：加尔文指控塞维特斯”独立地武断地”解释《圣经》，但是事实上，在宗教改革运动中，对《圣经》做出独立解释的并非塞维特斯一人。事实是，宗教改革运动恰恰发端于路德对《圣经》的独立解释，这一运动的发展也依赖于越来越多的对《圣经》的独立解释，加尔文的教条也是这众多的独立解释之一。”对圣经的百家解释”才是宗教改革运动的最大特色。如果除了加尔文的解释之外的其他解释都被视为异端，进而被判处火刑之罪，那么，宗教改革运动就失去了它的真正意义。也就是说，宗教改革不同于中世纪的最大意义在于：宗教真理不是天主教教廷钦定的，也不是唯一的，而是有分歧的和可争论的，任何个人和任何派别都不能自奉为”唯一正确”和”永远不会错”，没有资格宣称”只有我们知道真理，和我们不同的所有意见都是错的。””加尔文之所以把不同于他的观点视为’异端’，绝非因为他握有唯一真理，而是因为他独裁。所以，他就像历史上的所有独裁者一样，独断地要求所有人都按照他一个人的标准来思想来行动，而把其他不同思想统统作为’敌人’来加以禁止和迫害。”
卡斯特利奥最后质问加尔文：当我们共同参与一场有关信仰的辩论时，你为什么要求所有的论战对手沉默呢？事实上，你的独断蛮横恰恰证明了你的虚弱和恐惧：你害怕自由的争论使你丧失独裁者的地位。
虽然卡斯特利奥的神学影响、语言天赋、思想才学等各方面都不逊于自视甚高的加尔文，但是，毫无权力的、充满人道主义气质的卡斯特利奥面对的是大权在握、暴戾独裁、蛮横无理的加尔文，这就像是蚂蚁战大象，后果可想而知。
《答加尔文书》被禁止出版后，加尔文的鹰犬们挨门挨户搜查卡斯特利奥的作品，在搜查中果然发现卡斯特利奥的新作，未经加尔文批准而出版的小册子《悲痛地向法兰西忠告》。加尔文以此为由把卡斯特利奥告上法庭，并要求当局逮捕卡斯特利奥。
在《悲痛地向法兰西忠告》中，卡斯特利奥呼吁：允许对《圣经》的不同解释，保证各种解释的和平而平等的发言权，进而达成一种自由争鸣的社会气氛。卡斯特利奥又悲痛地疾呼道：”法兰西，我对您的忠告是，停止强制、迫害和杀害良心吧，代之以每一个信仰基督的人自行其是。”
在严酷的生活环境下，卡斯特利奥饱受病魔的折磨和生活的磨难。终于在一五六三年十二月二十九日，正当卡斯特利奥即将遭受塞维特斯同样命运之时，病魔先于加尔文的迫害夺去了这位自由主义神学家四十八岁的生命。他的朋友们既悲痛又欣慰地说：”靠上帝赐助，把他侥幸地从敌人的魔爪下夺了回来。”
加尔文倚仗着他的权势，以独裁、迫害的暴戾手段残酷压制了其他自由思想者对圣经和基督教的优秀见解，成功地垄断了对圣经的解释权，使他的著作”基督教原理” 成为权威的基督教指导教义和经典。加尔文虽然仗着政教合一的权力，一时达到了垄断诠释圣经的个人目的，但是基督教最终还是分裂成无数个具不同见解的不同派别。
十八世纪以后，天主教分裂后的三个主要宗教又不断分化出许多宗派，天主教在欧洲终于分裂成许许多多各自为政，各有自己一套神学教义和礼仪规定的教会团体，而且，就连新教基督教也是四分五裂，基督教的分裂终成定局。
尽管四分五裂，但是基督教并没有放弃政治权力，欧洲也并没有因为基督教的纷争和分裂而摆脱政教合一的黑暗体制，欧洲争取政教分离，走出黑暗，走向自由、民主仍还有很长的路。
直到一八六０年，罗马教廷仍然颁布针对异教和异端的《邪教汇编》。直到二十世纪的二战前后，天主教廷还在一九四五年和一九四八年两次再版《禁书目录》。《禁书目录》涉及到英语、法语、意大利语、拉丁语、德语、希腊语、阿拉伯语、希伯莱语、西班牙语、荷兰语的各类著作，被禁书籍多达两千六百多部，被禁作者几乎囊括所有世界知名的作家和思想家。
但是黑暗最终会过去，历史的潮流终于迫使基督教退出了政治权力，正是因为基督教退出了政教合一的政治权力，民主制度才真正得以实施，欧洲才有了自由、民主的光明未来，人民才有了真正的自由。
这种延绵数世纪的宗教迫害，直到二十世纪六十年代才停止。一九六五年梵蒂冈颁布《宗教自由宣言》正式宣告宗教迫害结束。该宣言明确宣布：放弃”持谬见的人无任何权利”的不宽容传统。自此以后，罗马教廷也开始致力于在世界范围内传播宗教自由。
一九六五年十二月七日，梵蒂冈第二届大公会议闭幕前夕，保罗六世教皇和君士坦丁堡东正教领袖阿特那哥拉斯主教(Athenagoras)互派代表，在罗马和君士坦丁堡同时发表共同声明，对过去双方的互相谩骂、侮辱和攻击行为表示歉意，并取消公元一零五四年彼此开除对方教籍的命令。这项共同声明是东西教会彻底分裂九百年多年后，重新走向合一的转折点。但是，对于千年的巨大裂痕这只是一个起点而已。
二０００年，在新旧世纪之交，罗马教皇公开承认宗教法庭审判异端和伽利略是错误的，公开为伽利略平反，而且向曾经遭受过罗马教廷迫害的所有异教徒道歉，以此来为中世纪教会的迫害异端赎罪。
二００一年二月二十五日，七十九岁高龄的罗马教皇约翰保罗二世前往中东作朝圣之旅，开始宗教和解。他访问了伊斯兰教徒占全国人口９０％的埃及，与伊斯兰逊尼派领袖进行了对话，呼吁以和解的对话代替宗教仇恨。五月初，教皇保罗二世又一次前往三大宗教的发源地耶路撒冷，作朝圣之旅。
约翰保罗二世又访问了希腊，在访问期间，教皇与当地的东正教领袖大主教克里斯托杜洛发表联合声明，谴责所有以宗教之名的暴力、强迫改变信仰和极端狂热主义。教皇忏悔了历史上天主教对异教徒的不宽容和迫害，特别请求宽恕天主教发动的十字军东征，洗劫当时东正教中心君士坦丁堡的罪过。
化解基督教历史千年迫害的怨恨，把宽容、博爱的基督精神传播到世界各个角落谈何容易，稳固政教分离的人权、自由、民主的制度更非易事。所以，宽容对待今天的不同信仰，宽容对待人们对世界主要宗教 ─ 基督教的不同认识和见解，是文明的今天和野蛮的过去的根本分水岭，也是基督教千年迫害异端的黑暗历史该如何结束的最终答案，更是我们辨别制造仇恨的伪基督徒的基本标准。只有坚守感恩、博爱、忏悔、宽容、公义这些基督精神的核心，我们才能真正地、彻底地远离中世界政教合一、迫害异端的黑暗历史。
